Διαφορετικοί παράγοντες μπορούν να θέσουν σε κίνδυνο αυτή την ισορροπία, όπως η θεραπεία με αντιβιοτικά, κάποια ίωση, το στρες, ένα ταξίδι ή η μη ισορροπημένη διατροφή ή ο τρόπος ζωής.
Η χρόνια και παρατεταμένη χρήση αντιβιοτικών, η κατανάλωση τροφίμων με υψηλή περιεκτικότητα σε ζάχαρη, αλλά και η μειωμένη κατανάλωση τροφίμων με